FISH DNA hybridization

Wetenschappelijke onderwerpen over Lyme-Borreliose, zoals wetenschappelijke medische publicaties en artikelen die worden ondersteund door dergelijke publicaties. Bij twijfel kies 'Artikelen en Linkjes'.
Gebruikersavatar
Lola Lyme
Berichten: 377
Lid geworden op: Di 28 Okt 2014, 20:53

FISH DNA hybridization

Berichtdoor Lola Lyme » Vr 06 Mar 2015, 09:50

FISH DNA hybridization

inmacdonald schreef:The FISH DNA hybridization. Will settle the heretofore contentious debates about the REALITY OF
CHRONIC BORRELIA ILLNESSES.


I WILL PROVIDE THE METHODOLOGY AND THE DETAILS OF MANUFACTURE OF THE
MOLECULAR beacon DNA PROBES IN AN UPCOMING PEER REVIEWED PUBLICATION.

AN Epifluorescent microscope is required to accomplish the microscopic exams.

Alan B. MacDonald, MD,FCAP
JANUARY 28, 2015

Bron: LymeNetEurope

inmacdonald schreef:DNA probes are used commonly in Pathology and in Microbiology.....

In Situ Hybridization. ( ISH ) is standardized!.
Entire textbooks are published !!!
ISH
AND
FISH
DO AN AMAZON BOOKS SEARCH TO VERIFY.!!


THE TECHNIQUE OF in Situ Hybridization has been around in research for Decades.

It works
It makes hybridized target VISIBLE UNDER THE MICROSCOPE.


THE FDA HAS NO JURISDICTION OVER in situ hybridization. Or FISH either

Alan B. MacDonald, MD, FCAP
JANUARY 29, 2015

Bron: LymeNetEurope

Exploring the association between Morgellons disease and Lyme disease: identification of Borrelia burgdorferi in Morgellons disease patients
Marianne J Middelveen, Cheryl Bandoski, Jennie Burke, Eva Sapi, Katherine R Filush, Yean Wang, Agustin Franco, Peter J Mayne and Raphael B Stricker
12 February 2015 BMC Dermatology 2015, 15:1 | doi:10.1186/s12895-015-0023-0

Bb molecular beacons
Dr. Alan MacDonald designed the DNA sequences and generously donated the Bb molecular beacon DNA probes. Probe FlaB, a sequence of 23 nucleotides, was derived from the Bb open reading frame (ORF) BB0147 of the flagellin B gene that contains more than 1000 nucleotides. A nucleotide BLAST search of the 23 nucleotide probe sequence disclosed no matches other than that of Bb BB0147. Probe 740 was derived from the Bb ORF BB740 representing a Bb inner cell membrane protein, and a nucleotide BLAST search disclosed no matches other than that of the Bb ORF BB740.

Bb DNA staining and detection with molecular beacons was performed by the following protocol, as previously described [12]. Paraffin sections of dermatological specimens and culture pellets were completely dewaxed by baking at 60°C then immersed in serial 100% xylene baths, followed by serial immersion through 100% ethanol, 90% ethanol, 80% ethanol and distilled H2O, then air-dried. Fixed sections were immersed in 20 μl of working DNA beacon solution. Sectioned specimens were covered with plastic cut from a Ziploc® freezer bag then were heated at 90°C for 10 minutes to denature all DNA and RNA. Heat was reduced to 80°C for 10 minutes, then samples cooled gradually to room temperature. The stained slides were washed in PBS, and covered with 30% glycerol and a glass coverslip, then examined under an EPI Fluor microscope. Staining of research specimens was performed alongside staining of positive and negative controls. Positive controls consisted of a known Bb strain embedded in agarose, formalin-fixed and sectioned, as well as experimentally Bb-infected mouse liver sections. The negative control consisted of uninfected mouse liver sections.

Lees meer Bron: BMCDermatolgy
♪♪♫♫ 'The soul always knows what to do to heal itself. The challenge is to silence the mind' ♫♫♪♪

Gebruikersavatar
Lola Lyme
Berichten: 377
Lid geworden op: Di 28 Okt 2014, 20:53

Re: FISH DNA hybridization

Berichtdoor Lola Lyme » Vr 06 Mar 2015, 10:08

inmacdonald schreef:Borrelia Burgdorferi - 22 mer - DNA Probe [Molecular Beacon] utilized in FISH method to image Borrelia burgdorferi Flagellin B (Fla B) in
Human Solid Tissue and in Blood and Cerebrospinal Fluid:

TGG GAG TTT CTG GTA AGA TTAA

BORRELIA MIYAMOTOI - 30 MER - DNA probe [Molecular Beacon] utilized in FISH method to Image
Borrelia miyamotoi Flagellin B DNa in Human Solid tissue and in Blood and in Cerebrospinal Fluid:

TCA GCC ATA AAT GCT TCC AGA AAT AAT GGC

BLASTn searches will disclose GenBank deposits from all lifeforms on Earth which
match these at the 100% level

which is required for Molecular Beacon type DNA probes to Hybridize with potential DNA and mRNA sites
in target tissues.

These Probe nucleotide sequences were obtained from DNA Sequence Analysis of Borrelia Isolates, as further qualified by exact species.
The 100% matching nucleotides in GenBank deposits will appear at the top of the computer print out.
For a true 100% match with my Burgdorferi FlaB Molecular Beacon DNA/mRNA probe the 100% match must equal 22/22 nucleotides.
For a true 100% nucleotide Match for the Borrelia Miyamotoi Molecular Beacon for Flagelin B, the Molecular Beacon probe must match at 30/30 nucleotides in Blastn searches.

Respectfully,
Alan B. MacDonald MD, Fellow, College of American Pathologists

May 2 2015

Bron: LymeNetEurope
♪♪♫♫ 'The soul always knows what to do to heal itself. The challenge is to silence the mind' ♫♫♪♪

Sproetje
Berichten: 3407
Lid geworden op: Di 28 Okt 2014, 20:33

Re: FISH DNA hybridization

Berichtdoor Sproetje » Vr 06 Mar 2015, 14:26

Dank je wel, Lola.
Voor het plaatsen.
:)

Sproetje
Berichten: 3407
Lid geworden op: Di 28 Okt 2014, 20:33

Re: FISH DNA hybridization

Berichtdoor Sproetje » Vr 06 Mar 2015, 15:15

Lola Lyme schreef:inmacdonald schreef:The FISH DNA hybridization. Will settle the heretofore contentious debates about the REALITY OF
CHRONIC BORRELIA ILLNESSES.

I WILL PROVIDE THE METHODOLOGY AND THE DETAILS OF MANUFACTURE OF THE
MOLECULAR beacon DNA PROBES IN AN UPCOMING PEER REVIEWED PUBLICATION.

AN Epifluorescent microscope is required to accomplish the microscopic exams.

Alan B. MacDonald, MD,FCAP
JANUARY 28, 2015


Lola Lyme schreef:inmacdonald schreef:DNA probes are used commonly in Pathology and in Microbiology.....

In Situ Hybridization. ( ISH ) is standardized!.
Entire textbooks are published !!!
ISH
AND
FISH
DO AN AMAZON BOOKS SEARCH TO VERIFY.!!


THE TECHNIQUE OF in Situ Hybridization has been around in research for Decades.

It works
It makes hybridized target VISIBLE UNDER THE MICROSCOPE.


THE FDA HAS NO JURISDICTION OVER in situ hybridization. Or FISH either

Alan B. MacDonald, MD, FCAP
JANUARY 29, 2015


Wat is hij toch een intelligente man.

Gebruikersavatar
Lola Lyme
Berichten: 377
Lid geworden op: Di 28 Okt 2014, 20:53

Re: FISH DNA hybridization

Berichtdoor Lola Lyme » Za 07 Mar 2015, 10:53

Sproetje schreef:Wat is hij toch een intelligente man.

Een wetenschappelijke doorbraak !

Een grote stap richting erkenning voor Lyme patienten wereldwijd,
ontkenning kan geen stand meer houden

Thank you, Dr Alan MacDonald !
♪♪♫♫ 'The soul always knows what to do to heal itself. The challenge is to silence the mind' ♫♫♪♪

Gebruikersavatar
Lola Lyme
Berichten: 377
Lid geworden op: Di 28 Okt 2014, 20:53

Re: FISH DNA hybridization

Berichtdoor Lola Lyme » Wo 11 Mar 2015, 21:25

inmacdonald schreef:Image Compendium of borrelia spirochetes in Human Cerebrospinal Fluid -Kentucky Adult

FISH method using Molecular Beacon DNa Probe BBO 0147

Link:

https://cloud.gonitro.com/p/kfDKApzZTQ-LTWczKh1DYX


Respectfully Submitted,

Alan B. MacDonald, MD, FCAP
February 15,2015

Bron: LymeNetEurope
♪♪♫♫ 'The soul always knows what to do to heal itself. The challenge is to silence the mind' ♫♫♪♪

Sproetje
Berichten: 3407
Lid geworden op: Di 28 Okt 2014, 20:33

Re: FISH DNA hybridization

Berichtdoor Sproetje » Zo 12 Jul 2015, 15:18

Lola Lyme schreef:Een wetenschappelijke doorbraak !


Er is wel al een keer gebruik gemaakt om biofilms in vivo aan te tonen door de universiteit van Groningen ism de universiteit Zürich.
Dat is toen gelukt, en (o.a.) naar aanleiding daarvan zijn tandartsen anders gaan denken en behandelen
Het is een plos one artikel uit 2010:
Oral Biofilm Architecture on Natural Teeth

Lees meer:
viewtopic.php?f=32&t=302&p=4144#p4144

Gebruikersavatar
VerlorengezondheidM
Berichten: 2569
Lid geworden op: Za 19 Sep 2015, 23:59
Locatie: Tilburg
Contact:

Re: FISH DNA hybridization

Berichtdoor VerlorengezondheidM » Do 12 Nov 2015, 21:00

@Sproetje, @Lola Lyme en anderen,

Heeft onderstaande betrekking op DNA-fish methode?

Bron: http://www.dnalymetest.com/dnasequencetesting.html
Lyme Test Negative?
It Still May Be Lyme Disease!

Na 19 jaar onbehandeld rondlopen met een klinisch ziektebeeld: Chronische Lyme, Q-koorts, Bartonella, Babesia, Anaplasma, Chlamydia, Mycoplasma, Rickettsia, Yersinia, Coxsackie A16+ B, HHV-6.

Sproetje
Berichten: 3407
Lid geworden op: Di 28 Okt 2014, 20:33

Re: FISH DNA hybridization

Berichtdoor Sproetje » Vr 13 Nov 2015, 16:30

Ik weet het niet zeker, maar lees deze eens:

http://www.businesswire.com/news/home/2 ... BH0jk0cSUl

Ik denk dat DNA voor het testen van borrelia voor in levende mensen niet helemaal precies kan zijn.
Dat is denk ik iets anders dan wanneer je als patholoog met reeds overleden mensen gaat testen, dat is makkelijker.

Ik weet ook niet precies of het dezelfde testen zijn, er staan een paar plos one onderzoeken over in de bovenstaande link.
Ik heb ze nog niet gelezen.

PS
Ik denk wel dat het wat anders is.
Laatst gewijzigd door Sproetje op Za 16 Jul 2016, 17:30, 2 keer totaal gewijzigd.

Eus
Berichten: 992
Lid geworden op: Di 28 Okt 2014, 23:27

Re: FISH DNA hybridization

Berichtdoor Eus » Vr 13 Nov 2015, 16:57

PCR test
PCR (Polymerase Chain Reaction) is een algemene aanduiding voor testen waarbij DNA van de Borrelia bacterie wordt aangetoond in een monster van de patiënt (bijv. biopt, bloed of urine). Door de PCR reactie wordt een minieme hoeveelheid Borrelia DNA in het monster extreem vermenigvuldigd, waardoor het gedetecteerd kan worden. PCR is een directe test, die in tegenstelling tot de traditionele serologische testen, ook werkt als bijvoorbeeld de afweer van de patiënt niet in orde is en die geen ‘wachttijd’ van weken/maanden heeft vanaf het moment van infectie. Een positieve PCR uitslag is een ondubbelzinnig bewijs van infectie met Borrelia, mits de testprocedure in alle opzichten in orde is. Fout-positieve resultaten kunnen sporadisch optreden door o.a. een foute keuze van primers of target voor de PCR reactie, of door verontreiniging in het laboratorium. Dit is helaas niet simpel na te gaan voor de patiënt. PCR is in principe een zeer specifieke en gevoelige test, maar er zijn talloze varianten die ieder zo hun eigen voor- en nadelen hebben en geen van allen degelijk ‘bewezen’ zijn door gebrek aan onafhankelijk onderzoek. Bij een PCR test van bloed- of urinemonsters kan de gevoeligheid een probleem zijn, een negatieve testuitslag zegt dan weinig.

Een recente variant van PCR is PCR-sequencing, waarbij in geval van een positieve uitslag ook nog de exacte code van het gevonden Borrelia DNA bepaald wordt door zgn. DNA sequencing. De sequencing maakt de test extra betrouwbaar en kan laten zien om welke Borrelia variant het gaat, wat nuttig kan zijn bij diagnose, prognose en behandeling.

Meer over PCR-test is te lezen http://www.tekenbeetziekten.nl/nieuwe-b ... -pcr-test/

PCR wordt inmiddels gebruikt voor de diagnose van talrijke infectieziekten bij mensen, alleen bij Lyme wordt dit met soms bizarre argumentatie afgeraden … Ook binnen de diergeneeskunde wordt PCR al volop gebruikt, inclusief PCR op bloed of urine voor diagnose van de ziekte van Lyme en diverse tekenbeet co-infecties.


Bron; http://www.tekenbeetziekten.nl/de-diagnose/


Terug naar “Wetenschap”



Wie is er online

Gebruikers op dit forum: Geen geregistreerde gebruikers en 0 gasten